Page 275 - Science and Technology For Society 5.0

238 ~ Seminar Internasional FST UT 2021 ~

Selain mtDNA, marker lain yang juga sering digunakan dalam ekologi
molekuler adalah microsatellite atau disebut juga Short Tandem Repeat
(STR). Microsatellite terdiri atas 1-6 pasangan basa yang berulang ada di
dalam genom suatu mahluk hidup. Contoh microsatellite adalah (CA)12
yaitu pengulangan 12 nukleotida CA berupa
CACACACACACACACACACACACA (Freeland, 2011; Hartl, 2020). Penggunaan
microsatellite dalam mengamati hibridisasi dan introgresi pada paus biru
dilakukan misalnya oleh Attard et al. (2012) dan Torres‐Florez, Hucke‐Gaete,
Rosenbaum, & Figueroa (2014).
Ada sejumlah urutan DNA tertentu yang terdapat di beberapa bagian
DNA secara berulang. DNA yang ada secara berulang ini disebut DNA
repetitif. Ada dua macam DNA repetitif. DNA repetitif yang memiliki panjang
urutan 150-300 pasangan basa disebut SINE (short interspersed elements).
DNA repetitif yang memiliki sampai ribuan pasangan basa disebut long
interspersed elements atau LINE (Hartl, 2020; Pierce, 2020). Baik LINE dan
SINE juga dapat digunakan dalam penelitian ekologi molekuler, misalnya
penelitian yang dilakukan oleh Arnasson et al. (2018).
Penentuan urutan DNA (DNA sequencing) berguna dalam ekologi
molekuler, terutama untuk mengetahui perbedaan antar individu. Hanya
dengan mengetahui perbedaan komposisi dua rantai DNA, kita dapat
mengetahui bagaimana perbedaan tersebut. Perbedaan itu dapat diketahui
misalnya dari single nucleotide polymorphism (SNIP). SNIP adalah posisi satu
pasangan basa tertentu dalam rantai DNA yang berbeda antar individu
(Freeland et al., 2011).
Salah satu fenomena di bidang ekologi yang memerlukan ilmu genetika
adalah hibridisasi pada populasi hewan atau tumbuhan yang dilindungi.
Pada umumnya makhluk hidup yang berbeda spesies akan terhambat untuk
melakukan hibridisasi. Hambatan itu dapat berupa isolasi geografi maupun
adanya mekanisme isolasi reproduksi. Dua spesies yang terhambat untuk
melakukan perkawinan karena isolasi geografi disebut spesies alopatrik.
Adapun dua spesies yang hidup di satu habitat yang sama namun memiliki
isolasi reproduksi disebut spesies simpatrik. Dengan demikian, dua spesies
itu akan tetap terhambat untuk melakukan perkawinan sehingga komposisi
gennya menjadi semakin berbeda (Freeland et al., 2011).
Dua spesies yang berbeda dapat dipisahkan oleh isolasi geografis
maupun isolasi reproduksi. Batas antar spesies tersebut dapat menjadi
longgar atau justru menjadi lebih tegas karena berbagai faktor, baik faktor