Page 116 - Science and Technology For Society 5.0

~ Science and Technology for Society 5.0 ~ 79

4. Matriks Ketetanggaan (Adjacency)
Matriks input pengelompokan sekuens protein virus dengue
merupakan matriks adjacency dari graf interaksi sekuens protein. Interaksi
protein dapat dilihat dari nilai E-value, dimana semakin kecil nilai E-value
maka interaksinya semakin kuat. Untuk mendapatkan nilai E-value dilakukan
penyejajaran sekuens protein melalui program BLAST. Nilai E-value adalah
banyaknya penyejajaran yang berbeda, semakin rendah nilai E-value
semakin signifikan tingkat kemiripannya. Nilai E-value diperoleh secara
online menggunakan BLAST pada situs NCBI. Penyejajaran dilakukan dengan
mengambil satu dari dua puluh enam sekuens protein virus dengue sebagai
global consensus dari sekuens lainnya. Sekuens protein virus dengue yang
dijadikan global consensus menunjukkan kolom matriks adjacency,
sedangkan sekuens lainnya menjadi elemen penyusun kolom matriks
tersebut.
Penelitian ini mengambil sekuens dengan identitas gi:
VIPR_ALG4_573592343_7574_10270 sebagai global consensus pertama.
Selanjutnya, hasil penyejajaran ini akan menjadi elemen penyusun kolom
pertama matriks adjacency. Kemudian sekuens dengan identitas gi:
VIPR_ALG4_573592343_2420_3475 sebagai global consensus kedua dan
hasil penyejajaran ini akan menjadi elemen penyusun kolom kedua matriks
adjacency. Demikian seterusnya sampai sekuens dengan identitas gi:
VIPR_ALG4_573592433_6821_7564 sebagai global consensus kedua puluh
enam. Matriks adjacency yang terbentuk memiliki ukuran 26 x 26 sesuai
dengan banyaknya sekuens protein virus dengue. Nilai E-value dari hasil
penyejajaran 26 sekuens protein virus dengue dengan ditunjukkan pada
Tabel 4a sampai Tabel 4c.