Page 120 - Science and Technology For Society 5.0

~ Science and Technology for Society 5.0 ~ 83

dengue dan seterusnya sampai kolom kedua puluh enam. Untuk
mempermudah dalam proses komputasi maka nilai E-value yang terlalu
kecil, seperti 2E-92 dan 6E-54 akan dikonversi dengan -log(E-value) sehingga
diperoleh 92 dan 53. Pada Gambar 17 ditampilkan matriks input dari 26
sekuens protein virus dengue setelah mengalami self-loop. Matriks input
yang berupa matriks adjacency menyatakan ada atau tidaknya interaksi
antar sekuens protein. Self-loop menunjukkan bahwa ada interaksi protein
yang terjadi dengan dirinya sendiri. Untuk menghemat memori dan waktu
perhitungan, matriks adjacency yang terbentuk dibuat dalam bentuk sparse
seperti ditunjukkan pada Gambar 17.

Gambar 17. Adjacency Matrix Virus Dengue dalam Bentuk Sparse Matrix

Matriks adjacency di atas merupakan representasi dari interaksi 26
protein sekuens virus dengue. Banyaknya kolom dan baris pada matriks
menunjukkan banyaknya sekuens protein virus dengue, sehingga matriks di
atas berukuran 26 x 26. Elemen-elemen penyusun matriks merupakan
representasi dari interaksi yang terjadi antar sekuens protein virus dengue.
Perbedaan nilai menunjukkan besar kecilnya interaksi yang terjadi antar
sekuens tersebut. Interaksi sekuens protein virus dengue berdasarkan
matriks adjaceny di atas dapat digambarkan dengan graf interaksi seperti
pada Gambar 18.