Page 111 - Science and Technology For Society 5.0
P. 111
74 ~ Seminar Internasional FST UT 2021 ~
Pada gambar di atas (A) menjelaskan suatu graf berbobot dengan 7
simpul berupa protein yang setiap busurnya berbobot nilai E-value, (B)
menjelaskan M sebagai matriks yang menyatakan graf G dengan nilai E-
value yang telah diubah ke dalam -logE-value yang dikenal sebagai matriks
transisi, dan (C) merupakan matriks Markov T dari matriks M yang setiap
entrinya diubah menjadi peluang transisi pada setiap kolomnya.
Pada penelitian ini pengelompokan dengue dengan algoritma Tribe-
Markov Clustering diambil dari sekuens protein yang bersenyawa dengan
karbohidrat atau sering disebut glikoprotein. Interaksi protein-protein dari
virus tersebut berupa graf G, dengan simpul yang menyatakan protein dan
busur menyatakan kemiripan sejumlah sekuens dengan nilai E-value yang
telah dikonversikan dalam bentuk (-log(E-value)) untuk memudahkan
perhitungan. Misalkan diberikan graf awal tujuh virus dengue dengan entri-
entri nilai E-value yang kemudian dikonversikan dalam bentuk –logE-value
sebagai berikut:
Gambar 10. Konversi Nilai E-value
Misalkan S0 menyatakan matriks yang menyatakan graf G, karena setiap
simpul berelasi dengan dirinya sendiri maka pada setiap simpul dari graf
ditambahkan gelung guna memperbesar peluang aliran informasi ke
