Page 109 - Science and Technology For Society 5.0

72 ~ Seminar Internasional FST UT 2021 ~

1. Data Penelitian
Data yang digunakan dalam penelitian ini adalah nilai E-value sekuens
protein virus-virus dengue yang merupakan tingkat kemiripan sekuens
protein virus dengue. Nilai E-value diperoleh menggunakan program
penyejajaran sekuens BLAST di National Center for Biotechnology
Information (NCBI). NCBI menyediakan fasilitas BLASTn yaitu penyejajaran
sekuens DNA dan BLASTp untuk sekuens protein. Penyejajaran dilakukan
untuk mencari kemiripan sekuens protein virus dengue. Hasil penyejajaran
diperoleh berbagai sekuens protein virus dengue lain dengan tingkat
kemiripan berbeda.
Hasil penyejajaran dengan BLAST merupakan rangkuman informasi nilai
kemiripan dari sekuens protein virus dengue yang meliputi: Max score, Total
score, Query coverage, E-value, dan Identity. Max score adalah jumlah
keselarasan semua segmen dari urutan database yang cocok dengan urutan
asam amino. Total score menunjukkan keakuratan nilai penyejajaran
sekuens berupa asam amino yang tidak diketahui dengan sekuens asam
amino yang terdapat di dalam genbank. Semakin tinggi nilai skor yang
diperoleh maka semakin tinggi tingkat homologi kedua sekuens. Query
coverage adalah presentasi dari panjang asam amino yang selaras dengan
database yang terdapat pada BLAST. Identity adalah nilai tertinggi dari
presentasi identitas atau kecocokan antara sekuen query dengan sekuen
database yang tersejajarkan.
Nilai E-value merupakan nilai dugaan yang memberikan ukuran statistik
yang signifikan terhadap kedua sekuen. Nilai E-value yang semakin tinggi
menunjukkan tingkat homologi antarsekuens semakin rendah, sedangkan
nilai E-value yang semakin rendah menunjukkan tingat homologi yang antar
sekuens semakin tinggi. Nilai E-value bernilai 0.0 menunjukkan bahwa kedua
sekuens tersebut identik. NCBI menggunakan expect threshold 1e-6,
sehingga sekuens dengan nilai E-value lebih dari 1e-6 dianggap tidak
memiliki kemiripan.
Setelah dilakukan penyejajaran, hasilnya menunjukkan bahwa nilai E-
value terlalu kecil, dengan sekuens protein virus dengue gi:
VIPR_ALG4_573592433_437_934 adalah 7e-107. Untuk memudahkan
dalam proses perhitungan maka nilai E-value dikonversi menjadi -log(E-
value). Sekuen protein akan memiliki nilai E-value 0.0 jika disejajarkan
dengan dirinya, sehingga dalam perhitungan diberikan nilai 100. Dasar
pembentukan matriks adjacency dengan menggunakan nilai E-value
diperlihatkan pada Gambar 8.