Page 102 - Science and Technology For Society 5.0

~ Science and Technology for Society 5.0 ~ 65

komputasi telah menciptakan beberapa jenis program BLAST, yaitu: BLASTn,
BLASTp, PSI-BLAST atau BLASTpgp, BLASTx, TBLASTn, TBLASTx, dan Mega
BLAST (Baxevanis & Oullette, 2001; Bergeron, 2003). Pada penelitian ini,
proses penyejajaran sekuens-sekuens protein hemaglutinin (HA) dilakukan
menggunakan BLASTp dengan hasilnya berupa ringkasan skor statistic,
seperti Max score, Total score, Query cover, E-value, dan Max ident. Salah
satu skor/nilai yang penting pada penyejajaran sekuens adalah nilai E-value
(Altschul et al., 1990; Critianini & Hahn, 2007). Masing-masing sekuens akan
disejajarkan antara sekuens yang satu dengan sekuens yang lain sehingga
diperoleh nilai E-value sebanyak

C = n ! n = ( n n − ) 1 (1)
r ( ! r n r− ) 2

4. Graph Clustering
Graph clustering merupakan pengelompokan verteks-verteks pada
sebuah graf berdasarkan pada ada tidaknya hubungan antar-verteks dan
seberapa banyak hubungan yang terjadi antara satu verteks dengan verteks
yang lain lain. Markov Clustering Algorithm (MCL) merupakan algoritma
yang dibangun untuk menyelesaikan masalah graph clustering. MCL telah
diimplementasikan pada berbagai bidang, termasuk bioinformatik, dalam
hal ini pada jaringan interaksi protein (PPI networks). Beberapa keuntungan
MCL adalah kemampuan untuk menghasilkan cluster yang setimbang dan
flat (nonhierarchic), merupakan metode bootstrapping, memiliki parameter
natural yang mempengaruhi glanularitas dari cluster yang dihasilkan,
implementasinya sesuai untuk graf/matriks sparse, serta adanya hasil
matematis yang dapat menjelaskan hubungan erat dari setiap iterasi proses
MCL, interpretasi cluster, inflation, dan jumlah dari cluster yang dihasilkan
(Dongen, 2000).

5. Matriks Ketetanggaan (Adjacency Matrix)
Salah satu cara merepresentasikan graf adalah dengan matriks
ketetanggaan. Matriks ketetanggaan A = ( ) dari suatu graf adalah suatu
aij
matriks bujur sangkar berukuran n n dengan n = V yang entrinya
merepresentasikan ada tidaknya busur yang menghubungkan dua simpul
dengan