Page 101 - Science and Technology For Society 5.0

64 ~ Seminar Internasional FST UT 2021 ~

Sumber: Lv et al., 2008

Gambar 5. Format FASTA Sekuens Protein Hemaglutinin (HA) Virus
A/swine/Hubei/02/2008 (H1N1)

Penyejajaran sekuens dapat dilakukan secara global dan lokal dengan
beberapa metode/algoritma yang dikemukakan oleh para ilmuwan. Pada
tahun 1970, Saul Needleman dan Christian Wunsh mengenalkan algoritma
Needleman-Wunsch (NW) untuk penyejajaran global. Kemudian pada tahun
1981, Temple Smith dan Michael Waterman mengenalkan algoritma Smith-
Waterman (SW) untuk penyejajaran lokal. Algoritma NW dan SW
merupakan penerapan program dinamik dan efektif untuk penyejajaran
pasangan sekuens (Baxevanis & Oullette, 2001; Bergeron, 2003; Isaev,
2004).
Pada tahun 1990 Stephen Altschul, Warren Gish, Web Miller, Gene
Myers dan David Lipman di NCBI mengenalkan dan mengembangkan BLAST
(The Basic Local Alignment Search Tool) dengan menggunakan pendekatan
heuristik sebagai aproksimasi algoritma Smith-Waterman. BLAST
merupakan alat (tools) penting untuk penelitian genom yang memiliki
karakter cepat dan akurat untuk menganalisis penyejajaran sekuens dengan
meminimalkan ruang pencarian dan mampu mendeteksi daerah-daerah
yang mirip dalam pasangan sekuens yang panjang sehingga diperoleh
sekuens-sekuens yang mirip dan mencari penskoran yang tinggi dari
penyejajaran sekuens antara sekuens query dan sekuens subjek pada basis
data (Altschul et al., 1990)
BLAST merupakan perangkat lunak (software) berupa program yang
sering digunakan dalam penyejajaran sekuens dan dapat diakses secara
langsung di NCBI dengan situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Para ahli